Capítulo 1 - My Struggle

Fecha de emisión: 24 de enero de 2016

Temática: Conspiración alienígena

Ubicación: Washington D.C.

Resumen: Mulder y Scully son contactados por un presentador de televisión conspiracionista llamado Tad O'Malley, quien afirma tener evidencia de un encubrimiento masivo relacionado con la existencia de extraterrestres. O'Malley les presenta a una mujer llamada Sveta, quien asegura haber sido abducida y haber dado a luz a varios híbridos extraterrestres. A medida que investigan, Mulder comienza a cuestionar todo lo que sabía sobre la conspiración, sospechando que los extraterrestres no son los responsables, sino que todo fue orquestado por el gobierno con tecnología avanzada. Scully, mientras tanto, descubre que tiene ADN extraterrestre, lo que la deja desconcertada y preocupada por su propia identidad. El episodio concluye con Mulder decidido a revelar la verdad al mundo, mientras O'Malley es silenciado misteriosamente.

Capítulo 2 - Founder's Mutation

Fecha de emisión: 25 de enero de 2016

Temática: Mutación genética

Ubicación: Washington D.C.

Resumen: Mulder y Scully investigan la muerte de un científico que trabajaba en un hospital de investigación genética. Durante la investigación, Mulder y Scully descubren que el científico estaba involucrado en experimentos para alterar genéticamente a niños, lo que llevó a muchas deformidades y habilidades psíquicas. Mulder comienza a tener visiones de su hermana desaparecida, Samantha, imaginando cómo habría sido su vida si no hubiera sido abducida. Scully también tiene visiones, esta vez de su hijo William, pensando en cómo habría sido su vida si él estuviera con ella. Finalmente, descubren que los experimentos están conectados con un hombre llamado Augustus Goldman, conocido como el "Fundador". A pesar de descubrir la verdad, los agentes no logran detener los experimentos, pero Mulder y Scully reflexionan sobre el sacrificio y el dolor que han tenido que soportar debido a sus pérdidas personales.

Capítulo 3 - Mulder and Scully Meet the Were-Monster

Fecha de emisión: 1 de febrero de 2016

Temática: Criatura sobrenatural

Ubicación: Oregón

Resumen: Mulder y Scully investigan una serie de asesinatos en los que las víctimas parecen haber sido atacadas por una criatura misteriosa. Durante la investigación, se encuentran con un hombre llamado Guy Mann, quien asegura ser un hombre convertido en monstruo, aunque la realidad resulta ser lo contrario: es una criatura que fue convertida en humano por accidente. Mulder, luchando contra su propia pérdida de fe en lo paranormal, encuentra renovada su pasión por los Expedientes X gracias a la historia de Guy. El episodio tiene un tono humorístico y reflexivo, explorando el sentido de la existencia, la identidad y la capacidad de adaptación. Finalmente, la criatura vuelve a su forma original, y Mulder se da cuenta de que aún quedan misterios por resolver y que su trabajo no ha terminado.

Capítulo 4 - Home Again

Fecha de emisión: 8 de febrero de 2016

Temática: Venganza sobrenatural

Ubicación: Filadelfia, Pensilvania

Resumen: Mulder y Scully investigan un caso en el que un misterioso ser conocido como "El Bandido de la Basura" está asesinando a figuras prominentes de la ciudad. Mientras tanto, Scully recibe la noticia de que su madre está en estado crítico en el hospital, lo cual la deja emocionalmente afectada. Durante el caso, Scully reflexiona sobre las decisiones que tomó con respecto a William, su hijo, y cómo esas decisiones la han perseguido desde entonces. Mulder trata de apoyarla mientras ambos intentan comprender la conexión entre el "Bandido de la Basura" y los crímenes. Finalmente, el ser resulta ser una manifestación física de la desesperación y el dolor de la comunidad, y Scully debe enfrentar la pérdida de su madre, lo cual la hace cuestionar si alguna vez podrá encontrar la paz con respecto a su hijo.

Capítulo 5 - Babylon

Fecha de emisión: 15 de febrero de 2016

Temática: Terrorismo y comunicación espiritual

Ubicación: Texas

Resumen: Mulder y Scully investigan un atentado suicida en Texas en el que uno de los terroristas sobrevive en estado vegetativo. Mulder, decidido a encontrar respuestas, experimenta con hongos alucinógenos para intentar comunicarse con el atacante y descubrir la ubicación de una célula terrorista. Mientras tanto, los agentes Miller y Einstein, quienes recuerdan a versiones jóvenes de Mulder y Scully, se unen a la investigación. Mulder experimenta visiones surrealistas durante su estado alterado, lo que lo lleva a descubrir una pista clave. El episodio explora la naturaleza de la fe, la comunicación y la conexión humana, y concluye con Mulder y Scully reflexionando sobre la posibilidad de entender algo más grande que ellos mismos, mientras se enfrentan a un mundo lleno de odio y división.

Capítulo 6 - My Struggle II

Fecha de emisión: 22 de febrero de 2016

Temática: Conspiración y epidemia

Ubicación: Washington D.C.

Resumen: La temporada concluye con una crisis global cuando el ADN extraterrestre dentro de los humanos comienza a activarse, provocando una pandemia. Scully, que posee ADN extraterrestre, parece ser inmune y trabaja desesperadamente para encontrar una cura. Mulder, enfermo y debilitado, es encontrado por el agente Miller, y juntos intentan llegar hasta Scully. El Hombre del Cigarrillo revela que el brote es parte de su plan para eliminar a gran parte de la humanidad y dejar solo a unos pocos seleccionados. Scully descubre que su propio ADN puede ser la clave para salvar a la humanidad, y comienza a trabajar en una vacuna. El episodio termina con un suspenso, cuando una nave extraterrestre aparece sobre el puente donde se encuentran Mulder y Scully, dejando incierto su destino y el futuro de la humanidad.