Capítulo 1 - Within

Fecha de emisión: 5 de noviembre de 2000

Temática: Abducción alienígena

Ubicación: Bellefleur, Oregón

Resumen: Después de la abducción de Mulder, Scully y Skinner continúan la búsqueda desesperada para encontrarlo. Mientras tanto, el agente John Doggett es asignado para liderar una unidad de búsqueda especial. Doggett se muestra escéptico sobre la naturaleza paranormal del caso y se enfrenta a la resistencia de Scully, quien desconfía de sus intenciones. A medida que la investigación avanza, Doggett comienza a darse cuenta de que Mulder podría haber sido abducido por extraterrestres. Scully, lidiando con el dolor de la pérdida de Mulder y su propio embarazo inesperado, se muestra cada vez más determinada a descubrir la verdad. El episodio culmina con una pista sobre el paradero de Mulder, dejando a Scully y Doggett con más preguntas que respuestas.

Capítulo 2 - Without

Fecha de emisión: 12 de noviembre de 2000

Temática: Cambio de forma

Ubicación: Bellefleur, Oregón

Resumen: La búsqueda de Mulder continúa, y Doggett se une a Scully y Skinner para rastrear su paradero. La investigación los lleva al desierto de Arizona, donde se enfrentan a la presencia de un Cazarrecompensas Alienígena que intenta evitar que encuentren a Mulder. Scully y Doggett deben trabajar juntos a pesar de sus diferencias para localizar a Mulder antes de que sea demasiado tarde. Mientras tanto, Mulder está siendo sometido a experimentos a bordo de una nave extraterrestre. El episodio destaca la creciente tensión entre Scully y Doggett, así como la lucha interna de Scully por confiar en alguien nuevo. Finalmente, aunque no logran rescatar a Mulder, Scully y Doggett logran sobrevivir al enfrentamiento con el Cazarrecompensas, y Scully comienza a aceptar la ayuda de Doggett.

Capítulo 3 - Patience

Fecha de emisión: 19 de noviembre de 2000

Temática: Criatura alada

Ubicación: Idaho

Resumen: En su primer caso oficial como compañeros, Scully y Doggett investigan una serie de asesinatos brutales en una pequeña comunidad. Los ataques parecen haber sido cometidos por una criatura similar a un murciélago gigante. Scully, tomando el papel que Mulder solía tener, se muestra abierta a la posibilidad de que la criatura sea real, mientras que Doggett sigue buscando una explicación racional. A medida que la investigación avanza, ambos agentes se dan cuenta de que la criatura está buscando venganza por la muerte de su pareja décadas atrás. El episodio muestra la dificultad de Scully para adaptarse a trabajar sin Mulder, así como el desafío de Doggett para aceptar lo paranormal. Al final, logran detener a la criatura, pero queda claro que su asociación aún tiene mucho camino por recorrer.

Capítulo 4 - Roadrunners

Fecha de emisión: 26 de noviembre de 2000

Temática: Culto peligroso

Ubicación: Utah

Resumen: Scully investiga sola la desaparición de un hombre en un pequeño pueblo remoto de Utah, mientras Doggett se queda en Washington. Scully descubre que la comunidad es en realidad una secta que adora a un parásito antiguo con forma de gusano. La secta captura a Scully con la intención de usarla como huésped para el parásito. Doggett, preocupado por la falta de comunicación de Scully, decide ir a buscarla. Al llegar, logra rescatar a Scully justo antes de que el parásito la infecte por completo. Este episodio muestra la vulnerabilidad de Scully sin Mulder y destaca la creciente lealtad de Doggett hacia ella. Aunque Scully sigue desconfiando de Doggett, empieza a ver su compromiso con la búsqueda de la verdad.

Capítulo 5 - Invocation

Fecha de emisión: 3 de diciembre de 2000

Temática: Niño desaparecido

Ubicación: Oklahoma

Resumen: Doggett y Scully investigan el regreso de un niño desaparecido hace diez años, que reaparece sin haber envejecido ni un solo día. A medida que intentan descubrir qué le sucedió al niño, se enfrentan a fenómenos inexplicables y a la sospecha de que el niño podría no ser quien dice ser. Doggett, afectado por su propia experiencia con la desaparición de su hijo, se muestra especialmente comprometido con el caso. Scully, aunque escéptica, comienza a considerar la posibilidad de que el niño haya sido víctima de un fenómeno paranormal. El episodio explora el dolor de la pérdida y la esperanza de un milagro, y muestra cómo Doggett y Scully, a pesar de sus diferencias, están dispuestos a hacer todo lo posible para proteger a los inocentes.

Capítulo 6 - Redrum

Fecha de emisión: 10 de diciembre de 2000

Temática: Viaje en el tiempo

Ubicación: Washington D.C.

Resumen: Un abogado llamado Martin Wells, amigo de Doggett, se encuentra atrapado en un bucle temporal, reviviendo los días anteriores a su encarcelamiento por el asesinato de su esposa. Cada día, Wells despierta un día antes en el pasado, lo que le da la oportunidad de intentar cambiar el curso de los eventos y demostrar su inocencia. Doggett y Scully intentan ayudarlo mientras enfrentan la dificultad de comprender lo que realmente está sucediendo. A medida que Wells revé cada día, se da cuenta de los errores que lo llevaron a la situación actual y lucha por corregirlos. El episodio plantea preguntas sobre el destino, la redención y la capacidad de cambiar el pasado. Finalmente, Wells logra evitar la tragedia, rompiendo el ciclo y cambiando su destino.

Capítulo 7 - Via Negativa

Fecha de emisión: 17 de diciembre de 2000

Temática: Proyección astral

Ubicación: Pittsburgh, Pensilvania

Resumen: Scully está temporalmente fuera de servicio debido a complicaciones con su embarazo, y Doggett investiga un caso solo por primera vez. La investigación lo lleva a una secta que practica un tipo de meditación conocida como "via negativa", que permite a su líder entrar en los sueños de las personas y matarlas. Doggett comienza a tener visiones aterradoras y lucha por distinguir entre la realidad y las alucinaciones inducidas por el líder de la secta. A medida que la situación se vuelve más peligrosa, Doggett debe enfrentarse a sus propios miedos para detener al asesino. Este episodio explora el miedo a lo desconocido y la vulnerabilidad de Doggett en un mundo donde lo paranormal desafía toda lógica.

Capítulo 8 - Surekill

Fecha de emisión: 7 de enero de 2001

Temática: Visión de rayos X

Ubicación: Massachusetts

Resumen: Doggett y Scully investigan una serie de asesinatos en los que las víctimas parecen haber sido asesinadas a través de paredes y otras superficies sólidas. La investigación los lleva a dos hermanos, uno de los cuales tiene la capacidad de ver a través de objetos sólidos, lo que utiliza para llevar a cabo asesinatos por encargo. A medida que profundizan en el caso, Mulder y Scully descubren que la dinámica entre los hermanos es compleja y está impulsada por la manipulación y la venganza. El episodio destaca la relación entre el poder y la moralidad, y cómo las habilidades extraordinarias pueden ser utilizadas para el mal. Finalmente, logran detener a los hermanos, pero el episodio deja abierta la cuestión de cómo se pueden usar las habilidades especiales para beneficiar o dañar a la sociedad.

Capítulo 9 - Salvage

Fecha de emisión: 14 de enero de 2001

Temática: Metamorfosis metálica

Ubicación: Indiana

Resumen: Doggett y Scully investigan un caso en el que un hombre, aparentemente muerto en un accidente industrial, regresa convertido en una especie de ser metálico con el objetivo de vengarse de sus antiguos compañeros de trabajo. A medida que investigan, Mulder y Scully descubren que el hombre fue expuesto a un metal experimental que alteró su cuerpo, haciéndolo prácticamente indestructible. La búsqueda del hombre se convierte en una carrera contra el tiempo mientras intenta vengar su propia muerte. El episodio plantea preguntas sobre la naturaleza de la venganza y los límites de la ciencia en la modificación del cuerpo humano. Finalmente, Mulder y Scully logran detener al hombre antes de que cause más daño, pero el episodio deja en claro que la tragedia de su situación no tiene una solución fácil.

Capítulo 10 - Badlaa

Fecha de emisión: 21 de enero de 2001

Temática: Entidad vengativa

Ubicación: Washington D.C.

Resumen: Doggett y Scully investigan una serie de asesinatos en los que las víctimas parecen haber sido atacadas desde el interior de sus cuerpos. La investigación los lleva a un mendigo de la India que tiene la capacidad de reducir su tamaño y esconderse dentro de sus víctimas para atacarlas desde adentro. Mulder cree que el hombre está buscando venganza por el daño causado por empresas occidentales en su país de origen, mientras que Scully lucha por encontrar una explicación racional para los asesinatos. A medida que se enfrentan al asesino, Mulder y Scully deben lidiar con sus propios miedos sobre lo desconocido y lo imposible. Finalmente, logran detener al mendigo, pero el episodio deja una sensación inquietante sobre la capacidad del ser humano para adaptarse y sobrevivir a cualquier costo.

Capítulo 11 - The Gift

Fecha de emisión: 4 de febrero de 2001

Temática: Curación mística

Ubicación: Virginia

Resumen: Doggett investiga un caso antiguo de Mulder, relacionado con una misteriosa criatura conocida como "el sanador", que aparentemente tiene la capacidad de curar enfermedades devorando a las personas y luego regurgitándolas sanas. Mulder había estado investigando la criatura antes de su desaparición, buscando una cura para su propia condición. Doggett, al profundizar en el caso, se enfrenta a la misma criatura y descubre que su poder de curación tiene un precio terrible. A pesar de las advertencias, Doggett se ofrece como voluntario para ser curado por la criatura, lo que lo lleva a una experiencia cercana a la muerte. El episodio muestra la determinación de Doggett por encontrar a Mulder y entender su legado, así como los sacrificios que está dispuesto a hacer en la búsqueda de la verdad.

Capítulo 12 - Medusa

Fecha de emisión: 11 de febrero de 2001

Temática: Parásito bioluminiscente

Ubicación: Boston, Massachusetts

Resumen: Doggett y Scully investigan una serie de muertes misteriosas en el sistema de metro de Boston, donde las víctimas parecen haber sufrido una descomposición rápida de la piel. Doggett se adentra en los túneles mientras Scully coordina la investigación desde la superficie. Descubren que una bacteria bioluminiscente, liberada accidentalmente durante la construcción del metro, es responsable de las muertes. A medida que Doggett se adentra más en el sistema subterráneo, se enfrenta a la amenaza de la infección mientras intenta encontrar la fuente del brote. Con la ayuda de Scully, logran contener la bacteria antes de que cause más muertes. Este episodio destaca la creciente confianza y cooperación entre Scully y Doggett, así como su determinación para resolver casos a pesar de los peligros.

Capítulo 13 - Per Manum

Fecha de emisión: 18 de febrero de 2001

Temática: Embarazos alienígenas

Ubicación: Washington D.C.

Resumen: Scully comienza a cuestionar su embarazo cuando una mujer contacta con ella alegando que su bebé fue producto de un experimento gubernamental similar al que Scully había experimentado años atrás. A medida que Scully investiga el caso de la mujer, comienza a temer que su propio embarazo pueda haber sido manipulado por fuerzas externas. A través de una serie de flashbacks, se revela que Scully intentó quedar embarazada con la ayuda de Mulder, pero los intentos fallaron. Doggett, mientras tanto, intenta ayudar a Scully, aunque no entiende completamente el contexto emocional y personal del caso. El episodio explora los temores de Scully sobre la maternidad y la posibilidad de que su embarazo esté relacionado con la conspiración. Al final, Scully decide mantener la esperanza, a pesar de las incertidumbres que rodean su embarazo.

Capítulo 14 - This Is Not Happening

Fecha de emisión: 25 de febrero de 2001

Temática: Abducción alienígena

Ubicación: Montana

Resumen: La búsqueda de Mulder lleva a Scully, Doggett y Skinner a investigar una serie de abducciones extraterrestres en Montana, donde varias víctimas comienzan a reaparecer, pero en condiciones críticas. Monica Reyes, una agente del FBI experta en cultos y amiga de Doggett, es llamada para ayudar en la investigación. A medida que encuentran a más abducidos, Scully se desespera por encontrar a Mulder antes de que sea demasiado tarde. Finalmente, Mulder es encontrado, pero está en estado crítico, al borde de la muerte. El episodio termina con un suspenso, mientras Scully y el equipo intentan salvar a Mulder, dejando a todos con preguntas sobre las verdaderas intenciones de los extraterrestres y el alcance de la conspiración.

Capítulo 15 - Deadalive

Fecha de emisión: 1 de abril de 2001

Temática: Resurrección

Ubicación: Washington D.C.

Resumen: Tres meses después de los eventos anteriores, Mulder es declarado muerto, pero inesperadamente revive. Scully, emocionada y aliviada, se enfrenta a los misterios que rodean la resurrección de Mulder. Doggett, escéptico sobre cómo Mulder pudo haber regresado, comienza a cuestionar la naturaleza de su recuperación. Krycek reaparece, ofreciendo una cura que podría salvar a Mulder, pero con condiciones. A medida que Mulder comienza a recuperarse, se da cuenta de que algo dentro de él ha cambiado debido a las experiencias a bordo de la nave extraterrestre. El episodio explora temas de fe, redención y el precio de la verdad. Finalmente, Mulder se recupera, pero queda claro que su regreso plantea más preguntas que respuestas.

Capítulo 16 - Three Words

Fecha de emisión: 8 de abril de 2001

Temática: Conspiración alienígena

Ubicación: Washington D.C.

Resumen: Mulder, recién recuperado, se encuentra ansioso por volver al trabajo y retomar su lugar en los Expedientes X. Sin embargo, Doggett ya ha asumido ese rol, lo que genera tensiones entre los dos agentes. Mulder comienza a investigar un posible encubrimiento gubernamental relacionado con los abducidos y descubre información crucial sobre la colonización extraterrestre. A pesar de las advertencias de Scully y Skinner, Mulder se infiltra en una instalación gubernamental para obtener pruebas, lo que pone en peligro su vida y su carrera en el FBI. Doggett, inicialmente reacio a confiar en Mulder, finalmente decide ayudarlo. Este episodio destaca el conflicto entre Mulder y Doggett y la creciente cooperación entre ellos mientras intentan descubrir la verdad sobre la conspiración alienígena.

Capítulo 17 - Empedocles

Fecha de emisión: 22 de abril de 2001

Temática: Fuego y venganza

Ubicación: Nueva Orleans, Luisiana

Resumen: Monica Reyes regresa para ayudar a Doggett en un caso personal que podría estar relacionado con la muerte de su hijo años atrás. Mulder y Scully también se involucran cuando descubren que el caso tiene conexiones con fuerzas paranormales que parecen poseer a las personas y llevarlas a cometer actos violentos. Doggett, aunque inicialmente escéptico, comienza a considerar la posibilidad de que haya algo más allá de una explicación racional para los eventos. El episodio explora el dolor y la culpa de Doggett por la pérdida de su hijo y su lucha por aceptar lo paranormal. Al final, aunque no obtienen respuestas definitivas, Doggett y Reyes se acercan más, y Mulder y Scully continúan apoyando a su nuevo compañero.

Capítulo 18 - Vienen

Fecha de emisión: 29 de abril de 2001

Temática: Aceite negro alienígena

Ubicación: Golfo de México

Resumen: Mulder y Doggett son enviados a investigar una plataforma petrolera en el Golfo de México, donde los trabajadores han sido infectados por el aceite negro alienígena. Mulder, familiarizado con el peligro del aceite negro, intenta advertir a Doggett, quien sigue siendo escéptico pero comienza a darse cuenta de la gravedad de la situación. A medida que intentan contener la infección y salvar a los trabajadores, Mulder y Doggett deben confiar el uno en el otro para sobrevivir. Este episodio destaca la evolución de la relación entre Mulder y Doggett, así como el peligro continuo que representa la colonización extraterrestre. Finalmente, logran escapar de la plataforma, pero queda claro que la amenaza del aceite negro sigue latente.

Capítulo 19 - Alone

Fecha de emisión: 6 de mayo de 2001

Temática: Criatura subterránea

Ubicación: Nueva York

Resumen: Doggett se encuentra trabajando solo en un caso después de que Scully toma licencia por maternidad y Mulder es reasignado. Doggett se asocia con una nueva agente, Leyla Harrison, quien es una gran admiradora de Mulder y Scully. Juntos investigan una serie de desapariciones relacionadas con una criatura desconocida. Mulder, preocupado por la seguridad de Doggett, decide involucrarse en el caso. A medida que Doggett y Harrison se enfrentan a la criatura, Mulder llega justo a tiempo para ayudarlos. El episodio resalta la valentía de Doggett y su disposición a enfrentarse a lo desconocido, así como el legado de Mulder y Scully en el trabajo de los Expedientes X. Al final, Doggett demuestra que está listo para asumir el desafío de continuar investigando casos paranormales.

Capítulo 20 - Essence

Fecha de emisión: 13 de mayo de 2001

Temática: Conspiración y embarazo

Ubicación: Washington D.C.

Resumen: Scully comienza a sospechar que su embarazo está relacionado con la conspiración cuando descubre que varias personas están interesadas en su bebé, incluidos antiguos miembros del Sindicato y supersoldados. Mientras tanto, Mulder y Doggett intentan proteger a Scully de las amenazas que se ciernen sobre ella. Krycek reaparece, ofreciendo su ayuda, aunque sus verdaderas intenciones siguen siendo ambiguas. A medida que las amenazas se intensifican, Mulder y Doggett trabajan juntos para mantener a salvo a Scully, y descubren que el bebé podría tener un significado especial para la colonización extraterrestre. El episodio termina con un suspenso, dejando a Scully en peligro inminente y a Mulder y Doggett enfrentándose a fuerzas desconocidas.

Capítulo 21 - Existence

Fecha de emisión: 20 de mayo de 2001

Temática: Nacimiento y protección

Ubicación: Washington D.C.

Resumen: En el final de la temporada, Scully da a luz a su hijo, mientras Mulder, Doggett y Reyes intentan protegerla de los supersoldados que intentan capturar al bebé. Krycek es asesinado por Skinner cuando intenta traicionar a Mulder, y Reyes demuestra ser una aliada valiosa en la lucha contra las fuerzas que buscan al bebé. Scully finalmente da a luz a un niño sano, William, y Mulder llega a tiempo para estar con ella. El episodio concluye con una sensación de esperanza, pero también de incertidumbre sobre el futuro, ya que queda claro que el bebé de Scully es especial y seguirá siendo un objetivo para aquellos que desean controlar el destino de la humanidad. La temporada termina con Mulder y Scully juntos, decididos a proteger a su hijo a toda costa.